La actividad del sistema reticular está también influida por los cambios en la química cerebral y de los humores (oxígeno, carbónico, hormonas, etc).
Estos cambios son otro factor importante entre los que influyen en el ritmo vigilia-sueño. Basta ver, para comprenderlo, que podemos dormirnos en las condiciones más inverosímiles si estamos suficientemente cansados. Y si no, recordemos a aquel que se dormía de pié o el que metió la cara en el plato de puré al caerse dormido sobre él.
Respecto al sistema reticular, esta observación ha hecho pensar a algunos investigadores que la causa de nuestro dormir podría estar en el aumento de toxinas que se acumulan en los músculos como resultado del trabajo del organismo durante el período de actividad y que son la razón del cansancio muscular. Tanto éstas, como otras sustancias de disgregación, producidas en el transcurso de la actividad intelectual o física, han sido invocadas para explicar por qué dormimos.
En el mecanismo descrito está también la explicación de cómo podemos frenar la llegada de estímulos y seleccionarlos. Con el sistema reticular como enlace, los vigilantes se sitúan, tras una orden previa, en disposición de hacer menor caso de los estímulos que reciben. Tan sólo, permanecen en una alerta mínima, exigiendo a los estímulos que les llegan una consigna.
Esta consigna la dan esos centros superiores de los que depende la conciencia y que se forman una especie de cuadro o esquema del ambiente y del interior del organismo. Con arreglo a ese esquema los vigilantes saben qué estímulos son normales y no deben prestarles atención y cuáles han de ser informados a los centros superiores por el carácter extraño que presentan.
De esta forma podemos aislarnos del exterior y de nuestro propio cuerpo. La conciencia puede replegarse sobre sí misma y prepararse para el sueño. Mientras la situación es conocida o acostumbrada, el sueño comenzado puede continuar, pero sí las circunstancias cambian, se activa el mecanismo ya visto y nos despertamos.
Esta es la razón por la que una madre puede oír los acostumbrados ruidos de los juerguistas vecinos de arriba sin despertarse y levantarse sobresaltada en cambio cuando oye un ruido extraño procedente de la cuna donde duerme el niño.